三个月的宝宝，一个眼睛大，一个眼睛小，一个可能是先天发育的异常，比如有一个眼是先天性的小眼球，看起来就是一个大、一个小。另一个可能是有一只眼有先天性的上睑下垂，就是眼皮耷拉下来了，眼睛看起来比较小，有的时候大一点可以通过手术治疗进行矫正。另外，有没有其它的眼病，也需要查一下，比如重症肌无力等等神经科的疾病，有的时候也可以导致上睑下垂。

　　总之，一个眼大、一个眼小，可以是先天发育异常，也可以是疾病造成的。可以带着小孩到医院详细检查一下，看看是哪种情况，如果是先天性发育异常，一般没有好的治疗办法。如果是疾病造成的，有的时候可以通过药物或者是手术的方法进行治疗，都是先需要检查一下才能知道。